Bệnh được phát hiện lần đầu tiên tại Nhật Bản khi gây dịch ở nước này với số người mắc và tử vong rất cao. Năm 1935 các nhà khoa học Nhật Bản đã tìm ra căn nguyên gây bệnh là một loại vi rút được đặt tên là vi rút Viêm não Nhật Bản và từ đó tên bệnh cũng được gọi là viêm não Nhật Bản.
Virus viêm não Nhật Bản thuộc nhóm Arbovirus truyền sang người do muỗi đốt. Vật chủ chính mang virus là lợn và một số loài chim. Bệnh không truyền trực tiếp từ người sang người.